한 번 조사를 받은 세목과 기간에 대해 다시 통지가 오면 "이미 끝난 일 아닌가" 하는 의문이 먼저 듭니다. 국세청세무조사에서도 이미 조사한 세목과 과세기간을 거듭 들여다보는 일은 원칙적으로 막혀 있습니다. 국세기본법 제81조의4 제2항이 정한 예외에 해당할 때에만 재조사가 가능하므로, 새 통지를 받았다면 예외 가운데 무엇이 적용된다는 것인지를 확인하는 데서 출발해야 합니다.
조사권 남용 금지에서 나온 원칙
제81조의4 제1항은 적정하고 공평한 과세에 필요한 최소한의 범위에서 조사하고, 다른 목적을 위해 조사권을 남용하지 못하게 합니다. 제3항은 장부 제출 요구도 필요한 최소 범위로 하되, 조사대상 세목·과세기간의 과세표준과 세액 계산에 관계없는 장부는 요구하지 못하게 합니다. 재조사 금지는 이 원칙의 연장선에 있습니다. 같은 세목·같은 과세기간을 두고 거듭 조사받는 부담에서 납세자를 보호하려는 규정입니다.
법률이 정한 일곱 가지 예외
| 호 | 재조사가 가능한 경우 |
|---|---|
| 1 | 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 |
| 2 | 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 |
| 3 | 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우 |
| 4 | 이의신청·심사청구·심판청구나 과세전적부심사의 재조사 결정에 따라 조사하는 경우(결정서 주문에 적힌 범위로 한정) |
| 5 | 세무공무원에게 직무와 관련된 금품을 건넸거나 건네도록 알선한 경우 |
| 6 | 부분조사를 한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우 |
| 7 | 그 밖에 위와 비슷한 경우로서 대통령령이 정한 경우 |
제7호를 받은 시행령 제63조의2는 네 경우를 듭니다. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란으로 탈루 혐의가 있는 사람에 대한 일제조사, 과세관청 밖의 기관이 직무상 작성하거나 취득해 넘긴 자료를 처리하기 위한 조사, 국세환급금 결정을 위한 확인조사, 조세범칙행위 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우입니다. 마지막 경우에는 조세범칙조사심의위원회가 혐의가 없다고 의결한 자료라면 명백한 자료로 보지 않는다는 단서가 붙어 있습니다.
부분조사는 횟수에도 제한이 있습니다
조사는 사업과 관련된 세목을 통합해 실시하는 것이 원칙이지만(제81조의11 제1항), 일정한 경우에는 특정 사업장·항목·거래만 확인하는 부분조사가 가능합니다(같은 조 제3항). 그 가운데 거래상대방 조사 중 일부 거래 확인, 구체적 탈세 제보 확인, 명의위장·차명계좌를 이용한 탈루 혐의 확인, 시행령이 정한 특정 항목 확인을 이유로 하는 부분조사는 같은 세목·같은 과세기간에 2회를 넘겨 실시할 수 없습니다(같은 조 제4항). 앞서 부분조사를 받았다면 그때 통지서에 적힌 범위가 이후 재조사 여부를 판단하는 기준선이 됩니다.
재조사 결정에 따른 조사는 범위와 기한이 정해져 있습니다
넷째 예외는 납세자가 불복한 결과로 생기는 재조사입니다. 심사청구를 예로 들면, 결정기관이 청구에 이유가 있다고 보면서도 취소나 경정의 범위를 정하려고 사실관계를 더 확인할 필요가 있을 때 처분청에 다시 조사하라는 재조사 결정을 합니다(제65조 제1항 제3호 단서). 이때 처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 적힌 범위에 한정해 조사하고 그 결과에 따라 처분해야 하며, 그 과정에서도 연기·연장·중지 규정이 적용됩니다(같은 조 제5항). 이 규정은 이의신청에도 준용됩니다(제66조 제6항). 사전통지는 일반 조사보다 짧은 7일 전 기준입니다(제81조의7 제1항). 국세청세무조사 가운데 이 유형을 받았다면 결정서 주문과 통지서의 범위가 일치하는지부터 맞대어 보세요.
새 통지를 받았다면 이렇게 대조합니다
- 지난 조사의 사전통지서와 결과 통지서를 찾아 세목과 과세기간을 적습니다.
- 새 통지서의 세목·과세기간과 겹치는 부분이 있는지 표시합니다.
- 겹친다면 새 통지서의 조사 사유가 위 예외 가운데 어디에 해당한다고 적혀 있는지 확인합니다.
- 사유가 분명하지 않으면 조사 시작 때 설명을 요청하고, 답변을 받은 날짜와 내용을 기록합니다.
위법하거나 부당한 조사라고 생각된다면 조사 기간 종료일까지 납세자보호위원회 심의를 관할 세무서장 또는 지방국세청장에게 요청해 조사의 일시중지나 중지를 구할 수 있습니다(제81조의18 제2항 제4호, 제81조의19 제1항). 결과가 나온 뒤 다투는 길은 결과 통지와 적부심사 문서에 정리했습니다.
자주 묻는 질문
Q. 같은 해 부가가치세 조사를 받은 뒤 소득세 조사가 오면 재조사인가요?
A. 제81조의4 제2항이 막는 것은 같은 세목·같은 과세기간의 재조사입니다. 세목이 다르면 이 조항의 재조사에는 해당하지 않을 수 있습니다. 다만 통합조사 원칙과 각 통지서의 범위를 함께 보아야 하므로 두 통지서를 나란히 놓고 확인하세요.
Q. 부분조사를 받은 뒤 같은 기간의 다른 항목을 조사하는 것도 막히나요?
A. 부분조사에 포함되지 않았던 부분을 조사하는 것은 재조사 금지의 예외로 정해져 있습니다(제81조의4 제2항 제6호). 다만 일부 사유의 부분조사는 같은 세목·같은 과세기간에 2회를 넘길 수 없으므로, 지난 부분조사 통지서의 범위와 사유를 함께 보관해 두세요.
정리
국세청세무조사에서 같은 세목·같은 과세기간을 다시 보는 조사는 법령이 열거한 예외가 있을 때만 허용됩니다. 지난 조사 서류와 새 통지서를 대조하고, 적힌 사유가 그 예외와 맞는지 확인하는 것이 순서입니다. 처음부터 다시 보려면 국세청세무조사 안내 첫 화면으로 가세요.
이 글은 일반적인 법률 정보이며, 개별 사건의 결론은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.
근거: 국세기본법 제81조의4·제81조의11·제81조의18 제2항·제81조의19 제1항([시행 2026. 10. 2.] 법률 제21987호), 같은 법 시행령 제63조의2([시행 2026. 7. 1.] 대통령령 제36125호) — 국가법령정보센터 2026-10-20 확인